Né à Hüfingen, Hubert Mayer étudie à la Musikhochschule de Fribourg et chante à Fribourg, Bienne, Lunebourg, Karlsruhe, Munich, et au Staatstheater de Stuttgart. Il chante Tamino (La Flûte enchantée, Mozart), Don Ramiro (La Cenerentola, Rossini) et Tony (West Side Story, Bernstein), sous la direction de Hans Zender, Gabriele Ferro et Heinz Holliger, et avec les ensembles Concerto Palatino, Musica Alta Ripa, le Freiburger Barockorchester, le Klangforum Wien, l’Ensemble Recherche et l’Ensemble intercontemporain. Hubert Mayer participe à de nombreuses créations, dont The Magic Ring (Francesco Hoch), et Sonntag aus Licht (Karlheinz Stockhausen). En 2004, il interprète la partie de ténor de Prometeo (Luigi Nono) à la Triennale de Cologne et au Festival de Hambourg, sous la direction d’Ingo Metzmacher. En 2010, il crée Jerusem, la dix-huitième heure du cycle Klang de Karlheinz Stockhausen à la Triennale de Cologne. En 2019, il interprète le rôle de Michaël dans Donnerstag aus Licht avec Le Balcon, au Southbank Centre de Londres.